女性长期熬夜、身体状况不好时一般不适合囊胚移植，原因主要有以下几点：

1、影响内分泌系统：长期熬夜会导致内分泌失调，影响激素的正常分泌。例如，可能使促性腺激素分泌异常，进而影响卵巢的排卵功能和子宫内膜的容受性。对于囊胚移植来说，子宫内膜需要处于良好的状态才能为囊胚提供适宜的着床环境，而内分泌失调可能导致子宫内膜厚度不佳、形态异常，不利于囊胚着床。

2、降低免疫力：长期熬夜会使身体的免疫系统功能下降，身体更容易受到各种病原体的侵袭，引发疾病。在囊胚移植前后，女性的身体需要有较好的免疫力来应对可能出现的各种情况，如预防感染等。免疫力低下可能增加孕期感染的风险，影响胚胎的正常发育，甚至可能导致移植失败。

3、影响代谢功能：长期熬夜会干扰身体的正常代谢，可能导致血糖、血脂等代谢指标异常。此外，还会影响身体的营养吸收和利用，使女性身体处于营养不良的状态，这对囊胚的生长发育也是不利的。囊胚着床后需要从母体获取充足的营养物质来支持其发育，营养不良可能导致胚胎发育迟缓、质量下降等问题。

因此，建议长期熬夜的女性在考虑囊胚移植前，先调整作息时间，保证充足的睡眠，改善身体状况。经过一段时间的调整后，再到医院进行全面的身体检查，包括内分泌功能、免疫功能、血常规、肝肾功能等各项指标的检查，待身体状况符合移植要求后，再进行囊胚移植，以提高移植的成功率和孕期的安全性。